Ti hanno detto la verità entrambi, commercialista e venditore. Il venditore non ha alcun obbligo di emettere fattura esente IVA se non sei tu a dirglielo e tu l'IVA di un paese straniero, che non è stata pagata in Italia, non te la puoi scaricare. Se volevi una fattura esente IVA lo dovevi dire tu primae e spiegare come doveva essere redatta.
Se si tratta di un paese comunitario doveva emettere fattura esente IVA e tu dovevi compilare il modulo di acquisto dall'estero da presentare all'agenzia delle entrate italiana, emettere autofattura e pagare l'Iva corrispondente allo stato italiano. Quella sarebbe entrata in compensazione normalmente come il resto dei tuoi acquisti e così facendo l'avresti scaricata.
Se invece l'acquisto fosse pervenuto da fuori la comunità europea anche in quel caso la fattura sarebbe stata emessa senza IVA e tu l'avresti pagata al momento dell'importazione assieme al dazio doganale. Quel documento lo avresti registrato assieme alla fattura ed anche quello contribuisce alla compensazione IVA.
Dal momento che tu non hai reso noto tutto questo il venditore non ha emesso altro che una normale fattura con IVA. Lui non ha nessun obbligo legale di rettificarla in primo luogo perché non segue le nostre stesse leggi ma semplicemente è obbligato a comportarsi come prevedono gli accordi internazionali, e può benissimo essere che non possa emettere una nuova fattura esente da IVA in quanto lui si trovi costretto a versare la quota IVA della prima fattura emessa a quel punto nel suo paese e ci perderebbe tutto, ovviamente.
Credo che la tua sia stata una ingenuità dal momento perché non hai consultato preventivamente il tuo commercialista che sicuramente ti avrebbe detto come comportarti prima di completare l'acquisto.
Ovviamente su Paypal non puoi fare proprio niente perché loro non si curano affatto di queste cose e non toglieranno mai soldi ad un venditore che si è comportato lecitamente e non ha fatto proprio niente che corrisponda ad un mancato invio od ad un invio di un prodotto non conforme.
Hai purtroppo sbagliato tu. Per questa volta significa che pagherai direttamente ed in futuro per acquisti esteri dalla tua azienda chiederai l'esclusione dall'IVA.
