Il venditore ha ragione: per lui la vendita è stata a prezzo pieno perchè lo sconto l'ha praticato eBay (e lui manco ne era al corrente al momento del pagamento).
Giustamente ha quindi emesso fattura per la transazione in perfetto accordo col fisco.
Come suggerito da Sika puoi "tentare" di farti fatturare una nota di accredito da parte di eBay ma non nutro molte speranze in merito perchè, ripeto, il venditore ha assolto correttamente i suoi oneri fiscali in base alla vendita.