Il tuo commercialista ti risponderà una cosa ovvia, ovvero che una fattura che è esente da IVA non può essere messa nell'elenco dei crediti IVA. La registrerai come fattura esente e quindi solo nella sezione dei costi. Una fattura che non paga imposta non può essere messa nella compensazione degli importi IVA dal momento che imposta non ne ha. Il venditore ha fatturato regolarmente e non ha commesso nessuna irregolarità. Stava a te informarti prima del contratto per sapere quale fosse il regime di fatturazione. Magari ti serbvirà per il futuro.