Se ho capito cosa intendi devi creare un foglio di stile css personalizzato (prima ovviamente devi studiarti tutti gli "id" e "class" preimpostati da ebay andando a leggere il codice sorgente e scoprire quali sono quelli che vuoi andare a modificare), metterlo in un hosting esterno e fare in modo che venga caricato nel momento in cui si accede alle pagine del negozio (inserendo il comando ad esempio nell'intestazione pagine del negozio).

In questo modo puoi modificare praticamente tutto il layout di base.

Spero di essermi spiegata decentemente....