... ma io appunto non vorrei essere solo come commerciante on line o al dettaglio, ma vorrei anche aprire un negozio fisico dove vendere gli oggetti che la gente mi porta, quindi sono costretto ad essere agenzia d'affari.
Se vendi cose conto terzi sei commissionario e non agente d'affari. E c'è una bella differenza. Sei più assimilabile alle case d'asta che ad una agenzia qualunque essa sia. Attenzione però: la nomrativa - specie Iva - sulla commissione è complicatissima perchè per l'Iva ogni bene in c/vendita si considera come acquistato (e ovviamente poi venduto). Insomma, ragionaci bene.

Il mio dubbio è: è lecito svolgere l'attività principale come agenzia d'affari (codice attività 46.19.02), e commerciante come attività secondaria? Se si è opportuno specificare tutti e 2 i codici alla camera di commercio o è sufficente comunicare quello di agenzia d'affari?
Si, li devi indicare entrambi - anche all'Iva - proprio per le differenze di cui sopra.