ti conviene sì cambiare commercialista, se non sa dirti cosa fare

Innanziututto perché fai le fatture?  per il commercio elettronico basta il registro dei corrispettivi dove segni gli incassi giornalieri (il totale per ogni aliquota IVA). Se proprio vuoi fare contento il cliente gli mandi una ricevuta fiscale, così non pensa che sei un evasore.

E poi, le fatture in negativo non esistono, esistono le Note Credito. Sono nozioni basilari di contabilità.