Ebay non è pensato per transazioni B2B, quindi devi procedere manualmente.
Per prima cosa devi assicurarti che il venditore possa emettere un fattura fiscalmente valida, quindi che sia un venditore professionale con sede legale in un paese della UE.
Poi al momento dell'acquisto devi comunicare (meglio se sulle note per il venditore nella pagina del pagamento) che richiedi fattura con tutte le tue informazioni che sono necessarie per poterla emettere. Non farebbe male anche un messaggio, precedente all'acquisto, che anticipi questa richiesta.
ciao
mario