Il "negozio ebay" è solo un prodotto/servizio che ebay vende come strumento per chi ha un numero significativo di inserzioni, nient'altro e niente a che vedere con aspetti fiscali.
Se hai già una partita iva nessun problema. L'unica cosa è che se tratti articoli diversi da quelli contemplati dal codice iva della tua attività, dovresti aggiungere il codice corrispondente facendo una variazione all'Iva e inserendola come seconda attività indicando quale delle due, eventualmente, è la principale (per principale non s'intende quella che impegna di più, ma quella che genera maggior giro d'affari).
Secondo il mio parere, non c'è bisogno di indicare l'attività di e-commerce poichè, a parte il fumus interpretativo e le lacune legislative, su Ebay tecnicamente non si vende online ma si promuove la vendita online. Concetto un pò ostico ma è così!!!! (dibattutto all'ufficio Iva per 2 ore con capo servizio che alla fine mi ha chiesto consigli su come gestire gli altri utenti.........Povera Italia!!!!!.
Dovrai indicare il tipo di contabilità. Se la tua azienda è piccola NON ti consiglio di avere contabilità separate. Per la documentazione rilasciata per la vendita non c'è un obbligo di tipologia, ma segue quello che tu hai indicato sempre nell'iscrizione Iva (fattura, ricevuta fiscale, scontrino etc.)
Spero di essere stato utile.
Saluti,
Leo